日本留學教育方式與中國有區別。赴日留學以前，最好搞清楚日本的教學方式以及上課形式與教學制度，以便提早制定適合自己的留學計劃，不要白白浪費時間。
日本大學除了基礎知識和基本技能的傳授外，特別注意介紹和研究世界新情報、新知識和新技術。很多大學的多數課程不采用教科書而是指定參考書。學生根據教授的要求閱讀大量參考書，獲取廣泛的知識。學生必須通過自己的獨立思考判斷真偽，評價優劣，決定取舍，得出自己的結論。這一過程實際上是學生不斷反復學習的過程，是學生學會和獲取新知識的過程，也是學生逐步養成獨立和創造性思維能力的過程。
日本高等院校的研究機構屬于整個日本科學研究機構的一部分，文部省具體負責領導大學的科學研究工作。文部省的科研基金是支持高等院校科研工作最為廣泛和重要的基金來源。此外，日本國內還有大量的財團和基金會支持科學研究。有名望的教授一項研究可得到5~6項基金的資助。充足的資金從基礎上保證了研究的順利進行。
在研究性質方面，日本的高等院校主要從事基礎科學研究。從事教學與科研的基本單位是“講座”。每個講座由一個教授、一個副教授、一個講師和一個助教(助手)以及多名攻讀碩士和博士學位的研究生組成。形成一支老中青相結合，后備力量充足的研究集體。此外還有若干名大四學生參與有關實驗研究工作，以完成畢業論文大四學生的實驗時間大約是半年或近一年。
日本的實驗室對外交流較多，他們經常利用國外學者來日旅游或參加學術會議之機邀請國外同行來實驗室參觀交流。這些活動安排緊，講求實效，內容純屬學術交流，茶水咖啡三明治招待即可，不浪費金錢和時間，而又有收獲。
在日本從事研究工作的一大特點是踏實和高效。這是建立在高效的社會化服務和完善的后勤保障基礎之上的。在日本，出成果較多的學者可以從多個渠道獲得研究基金的資助，可以很方便地出國進行學術活動，他們頻繁地參加國內的有關學術會議，及時了解別人的研究進展和介紹自己的工作，并能及時購置科研所需的儀器設備。這樣又可以促進多出成果，形成一種良性循環。
在學校管理上，雖然日本國立、公立高等學校與私立高等學校的內部行政管理不同，但無論國立或私立高等院校均體現“教授治校”的原則。日本的國立或私立高等院校均設置有評議會或教授會，它是學校的最高權力機構，成員主要由有聲望的教授組成。教授會負責審理大學的學科設置、辦學方針、人事制度、財政預算結算、資本處理、解散、合并等一系列的重大事項。