2013年12月26日，東京大學發布的調查報告顯示，該校分子細胞學原教授加藤茂明研究室自1996年至今撰寫的165篇論文中，有51篇存在210處學術不端行為，包括偽造的學術實驗圖像等。加藤茂明此前被發現存在論文數據捏造問題，于2012年3月辭去東京大學教職。加藤教授迄今為止從國家申請了約30億日元(約合1.7億元人民幣)的研究經費，東京大學正在研究將這些研究經費返還國家。
近年來，日本學術不端行為頻發，之前的2012年5月，日本麻醉科學會公布了“學術打假”成果，日本東邦大學副教授、麻醉醫生藤井善隆長期捏造醫療論文，達193篇。藤井善隆曾在國內外的23個學術雜志上發表過193篇醫療論文。英國專家針對他在1991年到2011年發表的193篇論文進行了統計分析，發現被其引為論據的169個研究對象的體重、年齡、身高、血壓等數值均與實際情況相差巨大。為此，日本麻醉科學會成立特別調查委員會，核實藤井善隆供職過的醫療機關里不存在相關醫療病例。
隨著日本國際化程度的提升，一些學術不斷行為與外國人有關，其中不少與中國人相關。如2013年10月，早稻田大學發表聲明，由于中國籍留學生的博士論文多處盜用他人研究成果，學校進行內部調查后發現，這篇論文至少有64處抄襲他人研究成果或網絡上的內容，違反基本學術道德，決定取消授予其的博士學位，這是該校自創立以來首次取消博士學位。
2013年11月，日本愛知縣警方以涉嫌偽造有印公文及違法使用偽造公文的罪名逮捕了原中京學院大學副教授久野輝夫等4人。警方在宣布這一消息的時候說明，本案中的副教授久野輝夫為了保證自己在學校中的地位，便采取非法手段，偽造公文，非法修改了部分中國留學生管理檔案中的學分成績，另有三名中國籍人員也被調查。
日本學術不端行為頻發，原因是多方面的。其中一個重要原因就是科研人員的急功近利。在一些基礎研究領域，一項科研成果的出爐往往需要數年甚至更長的時間，一些科研人員沒能經受得住寂寞的考研。如上述東京大學加藤茂明致歉時說：“研究員急功近利，給大學、研究所、學會帶來巨大的麻煩，我為此感到十分抱歉。”此外，研究壓力大也是學術不端的原因之一。上述加藤茂明研究團隊采取競爭機制，要求研究人員拿出世界級成果，超出研究人員的能力范圍，從而導致不當行為的發生。
日本對學術不端行為采取較為嚴厲的態度，被查明學術不端的學者都受到處理。同時、政府、學術團體、研究機構也拿出措施應對學術不端現象的發生。日本文部科學省設有“不良行為特別委員會”，還公布了《關于處理不良研究行為的指針》等文件。2013年起，日本科學技術振興機構推出“倫理研修”制度，接受政府科研經費的學者必須學習學術倫理規范方面的課程。