信披質量差
在談到信息披露質量較差這一原因時，上述報告舉例說，有一家首發申請企業在成立之初設計了一套“動態的股權結構體系”，把內部員工股東分為三檔，股東每退一個檔次，折讓50%的股份給公司，作為公司的共有股權，為此，公司出現過股份代持和多次內部股權轉讓，但公司申請材料對歷次股權轉讓的原因披露不準確、不完整，且未披露股東代持股份的情形。
主體資格問題
對于主體資格存在一定缺陷這一問題，上述報告總結說主要體現在歷史出資瑕疵、歷史股權轉讓瑕疵、實際控制人認定不準確和管理層重大變動等4個方面。
具體來看，歷史出資瑕疵主要包括歷史增資擴股過程中房產出資瑕疵和無形資產出資瑕疵兩種情形。以房產出資瑕疵為例，某首發申請企業實際控制人以其商業房產相關權益作價750萬元對公司增資，占當時注冊資本的37.5%，但用以增資的房產權益當時未辦理權屬轉移手續，上述做法不符合當時情況下《公司法》的相關規定。
再以無形資產出資瑕疵為例，如某首發申請企業的無形資產出資問題。公司控股股東以原由申請人無償使用專利和非專利技術經評估作價2.16億元向申請人前身（C）增資，C設立時，控股股東已將其所屬科研部門投入該公司，相關專利及非專利技術已由C及改制后的申請人掌握并使用多年，并已體現在申請人過往的經營業績中。相關無形資產作價增資存在瑕疵。
歷史股權轉讓瑕疵則經常成為IPO待審企業被爆出丑聞的來源。這主要包括國有股權和內部員工股權轉讓瑕疵。以國有股權轉讓瑕疵為例，如某首發申請企業的國有股權轉讓問題，公司股東D分別從兩家央企下屬公司受讓申請人8%和19.33%的股權，但均未獲得國有資產主管部門的書面批準。
內部員工股權轉讓瑕疵也是IPO待審企業常被舉報之處，如某首發申請企業自然人股東38人收購了另外2900多名自然人股東所持的1500多萬股份，但所簽訂的2900多份收購協議上存在轉讓人署名與股東名冊姓名不符的情況；同時，有舉報行反映上述股份轉讓存在未經公司員工同意等情況。發審委認為申請人的股份轉讓存在潛在糾紛和瑕疵。
神秘的實際控制人也是近來發審委較為關注的問題，而實際控制人認定不準確則容易導致企業融資申請被否決。上述報告舉例說，2007年6月，公司原董事長張某持股比例50%，其配偶趙某持股比例5%，夫婦合計持股比例55%，為公司實際控制人。同年8年，公司增資引入外部股東，張某夫婦合計持有申請人50%的股權。同年10月，張某去世，生前所持公司股份由其妻子趙某和兩個未成年兒子分別繼承。趙某作為兩個未成年兒子的監護人，代為行使股東權利，實際控制申請人50%的股權，并擔任公司副董事長兼財務總監，為公司的實際控制人。而申請材料將趙某及張某其他家庭成員合并認定為實際控制人。上述認定不符合《證券期貨法律適用意見第1號-關于“實際控制人沒有發生變更”的理解和適用》的規定。
是否有穩定的管理精英團隊是發審委重點審看之處，管理層重大變動也會導致被否決。
盈利能力問題
被發審委質疑的企業盈利能力問題主要包括業績依賴、重要資產交易合理性和其他重要影響因素等3個方面。業績依賴問題包括稅收依賴和關聯方依賴兩個方面，各涉及1家首發企業。某首發企業申請報告期內享受軟件銷售增值稅退稅和所得稅減免兩種稅收優惠，2005年到2007年，增值稅退稅收入占凈利潤的比例分別達到28.99%、38.95%、40.33%，申請人及納入合并報表范圍內的子公司享受的所得稅減免額占申請人凈利潤的比例分別達到25.86%、17.990%、22.21%，合計對當期凈利潤的影響分別達到54.85%、56.85%、62.54%，并呈現上升趨勢。這說明申請人經營業績對稅收優惠存在嚴重依賴，融資申請被否決是情理之中。
是否有重大的關聯方依賴問題也可能導致融資申請被否決。如某首發申請企業2005年至2007年銷售項目的土地均從關聯方取得，連續三年的凈利潤均對關聯方存在重大依賴。
募投資金運用問題
在募投資金運用問題方面，發審委主要關注辨別風險，這包括效益風險、合規風險、匹配風險和融資合理性等方面。
有些被否企業的募投項目效益風險較大，主要包括募投項目產能大、經營模式變化帶來的經營效益不確定以及募投項目可行性等方面的風險。比如經營模式變化導致的效益風險，如某首發申請企業在募投項目完成后，銷售模式將由“經銷商+加盟店”逐步轉變為“直營店和加盟店并重”，公司主要產品產能將大幅增加。發審委會議認為，申請人在消化產能、適應銷售模式和生產模式轉變、保證募投項目的經濟效益方面存在較大的不確定性。
也有“蛇吞象”類型的被否企業存在，發審委認為此類企業的募投項目匹配風險較大，主要指募投項目與現有經營規模、技術及管理水平不匹配，募投項目風險較大。如某首發申請企業擬以本次募集資金收購價值88億多元的資產，收購的資產規模顯著高于申請人目前68億的總資產規模，募投項目與申請人現有的生產經營規模、財務狀況及管理能力不適應。